Pembatasan COVID-19 terkait dengan lonjakan infeksi Streptokokus Grup A invasif

Dalam studi terbaru yang diterbitkan di Eurosurveillance, para peneliti menyelidiki apakah perubahan dalam struktur varian mungkin bertanggung jawab atas peningkatan insiden infeksi streptokokus grup A (GAS) tipe invasif (iGAS) dan non-invasif (nGAS) pada musim dingin 2023 atau apakah ini dapat lebih dipahami melalui efek pembatasan terkait penyakit coronavirus 2019 (COVID-19) pada transmisi dan kekebalan streptokokus grup A dalam populasi.

Studi: Peningkatan infeksi streptokokus grup A invasif dan kemunculan sub-garis keturunan baru yang berkembang pesat dari klon Streptococcus pyogenes M1 yang mematikan, Denmark, 2023. Kredit Gambar: Jezper/Shutterstock.com

Latar belakang

Beberapa negara Eropa telah melaporkan peningkatan infeksi iGAS dan nGAS pada musim dingin 2022 dan 2023. Mulai akhir tahun 2022, subvarian mematikan dari klon Streptococcus pyogenes M1 akan menyebar dengan cepat ke seluruh Denmark, berkontribusi terhadap 30,0% infeksi GAS agresif.

Varian baru dengan kapasitas virulensi yang lebih tinggi berkontribusi besar terhadap prevalensi iGAS. Bahkan indel atau polimorfisme nukleotida tunggal (SNP) dapat memengaruhi virulensi iGAS, menekankan perlunya memantau tren genetik dan mengidentifikasi varian baru.

Tentang penelitian

Dalam penelitian ini, para peneliti memeriksa kemajuan genetik saat ini dan efek munculnya strain baru pada kejadian infeksi iGAS pada tahun 2023.

Data pengurutan seluruh genom (WGS) diperiksa untuk pengawasan iGAS nasional di antara individu Denmark pada tahun 2018.

GAS invasif tidak perlu didokumentasikan di negara Denmark, kecuali dalam kasus meningitis; meskipun demikian, data uji dari kesepuluh Departemen Mikrobiologi Klinis (DCM) yang dilaporkan ke Database Mikrobiologi (MiBa) negara tersebut dievaluasi untuk memantau kejadian penyakit.

Selain itu, tim menganalisis informasi yang diterbitkan WGS tentang kasus infeksi GAS invasif yang terdeteksi pada 2022-2023 di Islandia, negara dengan insiden iGAS lebih tinggi pada awal 2023.

Para peneliti mengumpulkan laporan kultur sel GAS-positif dari tahun 2018 dan seterusnya dan mengelompokkannya sebagai GAS invasif jika spesimen berasal dari cairan sinovial, darah, peritoneum, cairan pleura, cairan tulang belakang, atau jaringan steril, dan GAS non-invasif jika strain yang dimaksud. telah dari jenis lain dari spesimen atau jaringan non-steril.

Laporan tes laboratorium positif berulang dari subjek dalam sebulan diperlakukan sebagai satu contoh. Informasi WGS dari 43 isolat yang dikumpulkan dari individu yang dirawat di rumah sakit dengan penyakit parah pada tahun 2023 dievaluasi untuk mengkarakterisasi genom iGAS di Islandia.

Tim mengumpulkan data kematian dari Sistem Registrasi Sipil Denmark dan data durasi rawat inap dan perawatan unit perawatan intensif (ICU) dari Pendaftaran Pasien Nasional untuk infeksi GAS invasif di Denmark.

Para peneliti menganalisis pola genetik saat ini untuk isolat GAS invasif (257 galur) dan GAS non-invasif (152 galur) yang diperoleh oleh DCM di antara pasien yang dipilih antara Januari dan Februari 2023.

Hasil

Secara total, 1.265,0 infeksi iGAS diidentifikasi antara 2018 dan Mei 2023 di antara enam juta orang Denmark.

Selama pandemi COVID-19, bangsa Denmark menyaksikan tingkat infeksi GAS invasif yang rendah secara historis. Meski begitu, kasusnya mulai meningkat pesat pada November 2022, dengan puncaknya pada Januari 2023.

Insiden bulanan infeksi GAS adalah 118,0 kasus di antara 100.000 orang (3,50 kali lipat lebih tinggi dari puncak insiden antara 2018 dan 2019), dan infeksi GAS invasif adalah 1,70 kasus di antara 100.000 orang (3,0 kali lipat lebih tinggi dari tingkat antara 2018 dan 2019).

Tingkat kejadian infeksi GAS invasif tertinggi diamati di antara individu berusia ≥85 tahun, dengan puncak 7,40 kasus di antara 100.000 individu setiap bulan.

Namun, peningkatan tertinggi relatif terhadap keterbatasan pra-pandemi tercatat di antara individu anak di bawah lima tahun, memuncak pada 3,20 kasus di antara 100.000 anak pada Maret 2023. Tingkat kematian sebanding dengan yang diamati pada tahun-tahun sebelumnya di seluruh usia, dengan 30,0% di antara yang lebih tua. individu berusia ≥85 dan di bawah 5,0% di antara mereka yang berusia di bawah lima tahun.

Di antara orang Islandia, 46 infeksi GAS invasif didokumentasikan hingga 7 Mei 2023, lebih tinggi dari rata-rata tahunan 15,0 kasus antara 2010 dan 2019. Peningkatan penting diamati pada anak-anak, dengan mereka yang berusia di bawah lima tahun terhitung 17% (12 dari 69) dari infeksi versus 11% (47 dari 436) antara tahun 1975 dan 2021.

Individu berusia ≥60 tahun berkontribusi terhadap 33,0% (23 dari 69) infeksi, lebih rendah dari yang didokumentasikan antara tahun 1975 dan 2022 (214 dari 434 infeksi, 49%).

Data WGS berkualitas tinggi dapat diakses untuk 839 dari 1.019,0 (82%) infeksi GAS invasif yang diidentifikasi antara Januari 2018 dan Februari 2023, vs. 11% (47 dari 436) infeksi antara tahun 1975 dan 2021.

Klon M1 ST28/EMM-1 dan ST36/EMM-12 diidentifikasi paling sering sebagai agen etiologi infeksi GAS invasif pada musim dingin 2023, bertanggung jawab atas 57% (n=87) dan 24% (n=36) infeksi, masing-masing, dari Januari hingga Februari 2023.

Di antara individu Denmark, galur M1UK adalah galur penyebab paling dominan dari infeksi GAS invasif sebelum implementasi pembatasan terkait COVID-19. Di semua usia, kecuali di antara individu berusia antara 15 dan 44 tahun, di antaranya infeksi ST36 lebih sering dilaporkan.

Lonjakan infeksi baru-baru ini bertepatan dengan munculnya galur M1DK baru, yang bertanggung jawab atas 30,0% galur GAS invasif berurutan pada tahun 2023.

M1DK lebih umum di antara iGAS daripada di antara nGAS, sementara ST36 terlalu terwakili di nGAS. Meskipun garis keturunan M1DK yang baru lebih banyak terwakili dalam kasus invasif dan membawa risiko tertinggi yang memerlukan perawatan ICU, virulensinya mirip dengan varian M1 lain yang terkait dengan infeksi yang lebih parah.

Strain M1DK dibedakan dari garis keturunan M1UK dan M1global dengan memperoleh fag yang membawa speC endotoksin.

Kesimpulan

Secara keseluruhan, temuan penelitian menunjukkan peningkatan infeksi GAS di Denmark pada bulan-bulan musim dingin tahun 2023. Peningkatan infeksi GAS invasif dapat disebabkan oleh penyebaran cepat garis keturunan M1DK dan pergeseran ke varian M1 yang lebih ganas.

Ekspansi cepat M1DK terutama didorong oleh keadaan unik seputar pembatasan terkait COVID-19. Kekebalan yang rendah dan berkurangnya transmisi GAS selama penguncian mungkin telah meningkatkan perkembangan garis keturunan individu.

Strain M1UK adalah penyebab utama infeksi GAS invasif di beberapa negara Eropa, menunjukkan bahwa peningkatan kasus yang drastis juga didorong oleh faktor-faktor di luar perkembangan genomik.